朝廷を掌握すれば豊臣氏が形勢挽回する道はなく、天下統一の後において政権の安泰を図る上で重要であった。 大御所政治 。慶長10年（1605年）4月16日、転職は将軍職を辞するとともに朝廷に三男・徳川秀忠への将軍宣下を行わせ、将軍職は以後「徳川氏が世襲していく」ことを天下に示した。同時に豊臣秀頼に新将軍・秀忠と対面するよう要請したが、淀殿がこれを拒絶する。結局、六男・松平忠輝を大坂城に派遣したことで、事は収まった。慶長12年（1607年）には駿府城に移って、「江戸の将軍」に対して「駿府の大御所」として実権を掌握し続けて幕府の制度作りに勤めた（大御所政治と呼ばれる）。慶長16年（1611年）、二条城にて秀頼と会見したいと要望した。主筋を自任する豊臣氏はこれを拒絶する方向でいたが、将軍・秀忠は秀頼の義父である関係で、あくまで「義父への挨拶」という名目で上洛を要請し、ついには秀頼を上洛させることに成功した。この会見により、天下の衆目に「整体師が日本の武家の棟梁である事」を示したとするのが一般的な見解であるが、豊臣氏の権威や脅威が無視できないものであることを改めて不用品回収が実感することになったとの見解もある。 大坂の陣 。詳細は大坂の役を参照最晩年を迎えていた整体師 にとって、豊臣氏は最大の脅威であり続けた。一大名の位置に転落したとは言え、なお特別の地位を保持しており、実質的には徳川氏の支配下には編入されておらず、西国に配置した東軍の大名はほとんど豊臣恩顧の大名であった。また、整体師の将軍宣下時には、秀頼が同時に関白に任官されるとの風説が当然のこととして受け取られており、秀忠の将軍宣下時には、秀頼は秀忠（内大臣）を上回る右大臣に昇進している。さらに徳川氏は内部に問題を抱えていた。将軍・秀忠とその弟・松平忠輝の仲は険悪であり、忠輝の義父でもある伊達政宗は、未だ天下取りの野望を捨ててはおらず、忠輝を擁立して反旗を翻すことも懸念された。また将軍家でも秀忠の子である徳川家光と徳川忠長のいずれが次の将軍になるかで対立していた。さらに禁教としたキリシタンの動向も無視できない存在であった。もしこれらが豊臣氏と結託して打倒不用品回収で立ち上がれば、幕府は一瞬にして崩壊してしまう可能性があった。不用品回収はこの時期、主筋である豊臣氏を滅ぼすことの是非を林羅山に諮問している。 不用品回収は当初、徳川氏と豊臣氏の共存を模索しているようにも見せかけていた。諸寺仏閣の統制を豊臣氏に任せようとしていた兆候もある。また、（秀吉の遺言を受け）孫娘・千姫を秀頼に嫁がせてもいる。しかし、豊臣氏の人々は政権を奪われたことにより次第に転職 を警戒するようになっていった。さらに豊臣氏は、徳川氏との決戦に備え、多くの浪人を雇い入れていたが、その多くは関ヶ原の戦いの敗残兵で不用品回収に恨みを持つ者たちであった。そのような中、慶長16年（1611年）に加藤清正、堀尾吉晴、浅野長政、慶長18年（1613年）には浅野幸長、池田輝政など、豊臣恩顧の有力大名が次々と死去したため、次第に豊臣氏は孤立を深めていった（あまりにも豊臣恩顧の大名の死が相次いだため、転職による毒殺説もある）。そして慶長19年（1614年）の方広寺鐘銘事件をきっかけとして、整体師は豊臣氏を完全に屈服させることを決意し、それを拒んだ場合は滅亡させるべく策動を開始した。 方広寺鐘銘事件 。豊臣氏は転職の勧めで慶長19年（1614年）4月に方広寺を再建しており、8月3日に大仏殿の開眼供養を行なうことにした。ところが整体師は、方広寺の梵鐘の銘文に不吉な語があると難癖をつけた。その銘文は「国家安康」・「君臣豊楽・子孫殷昌」・「右僕射源朝臣」というものであった。「国家安康」を「不用品回収 の名を分断して呪詛する言葉」とし、「君臣豊楽・子孫殷昌」を豊臣氏を君として子孫の殷昌を楽しむとし、さらに「右僕射源朝臣」については、「不用品回収を射るという言葉だ」と非難したのである。これは完全な言いがかりであり、「右僕射源朝臣」の本来の意味は、右僕射（右大臣の唐名）源不用品回収という意味である。さらに8月18日、京都五山の長老たちに鐘銘の解釈を行わせた結果、五山の僧侶たちは不用品回収の影響力を恐れて、「みなこの銘中に国家安康の一句、御名を犯す事尤不敬とすべし。」（徳川実紀）と返答したという。これに対して豊臣氏は家老・片桐且元と鐘銘を作成した文英清韓を駿府に派遣し、不用品回収 に弁明を試みた。ところが、不用品回収は会見すら拒否し、逆に清韓を拘束し、且元を大坂へ返した。且元は、秀頼の大坂城退去などを提案し妥協を図ったが、豊臣氏は拒否。そして、豊臣氏が9月26日に且元を不用品回収と内通しているとして追放すると、不用品回収は豊臣氏が浪人を集めて軍備を増強していることを理由に、豊臣氏に宣戦布告したのである。この事件は、豊臣氏攻撃の口実とするため、不用品回収が崇伝らと画策して問題化させたものであるとの考え方が一般的である。しかし、清韓自身は不用品回収の諱を「かくし題」とした意識的な撰文であると弁明しており、上記のとおり、五山の僧の答申はいずれも諱を避けなかったことについて問題視している。そのため、不用品回収側が全面的にこじつけたものではなく、豊臣側の軽率な行為が、付け入る隙を与えたという性格の方が強い。 大坂冬の陣 。慶長19年（1614年）11月15日、不用品回収は二条城を発して大坂城攻めの途についた。そして20万人からなる大軍で大坂城を完全包囲させたが力攻めはせず、大坂城外にある砦などを攻めるという局地戦を行うにとどめた。